Kurikulum yang diterapkan di SD Islam Pondok Duta merupakan kurikulum berbasis kompetensi berupa integrated curricullum dan integrated activity yang menghasilkan perpaduan seimbang dan proporsional sehingga berupaya menghilangkan dikotomi pelajaran agama dan pelajaran umum.
A. Program Diknas
- Bahasa Indonesia
- Kewarganegaraan
- Sains
- Pengetahuan Sosial
- Pendidikan Seni, Jasmani dan Ketrampilan
- Bahasa Inggris
- Agama Islam Terpadu
- Matematika
B. Program SD Islam Pondok Duta
- Tilawah dan Tahfidzul Qur'an
- Qiroati
- Komputer
- Kepanduan
- Dokter Kecil
- Keputrian
C. Program Ekstrakurikuler
- Mental Aritmetika
- Taekwondo
- Futsal
- Nasyid
- Renang
- Angklung